В хедъра не е за предпочитане, ако няма някаква вградена опция и конкретно подобаващо място, тъй като според въпроса ти е ясно, че няма да имаш знанията как да изглежда добре там, използвайки css файла, отделно самия хедър се зарежда пръв и външен източник под формата на скрипт ще забави зареждането на целия сайт. Във футъра центрирано може би ще изглежда по-добре, защото там най-вероятно няма лого, с което да се съобразяваш. Но мисля, че по-голям успех с конвертиране на трафика си би постигнал чрез вмъкване на реклама в самото съдържание, средната част на сайта и страничните ленти, което може да се постигне евентуално и чрез някоя добавка за улеснение без манипулация на файловете на cms системата, която ползваш.