Не съм сигурен как стои въпроса за тест през USB. Иначе стандартните инструменти:
badblocks
smartmontools - в тоя пакет е инструмента smartctl. За това има и GUI - gsmartcontrol.
fsck - за системните файлове
shred - за стрес-тестове на харда
За Убунту - Root >> then select System >> Administration >> Disk Utility - разкачаш и тестваш